Los mutantes y los humanos en Nueva York cada vez se llevan mejor. Pero entonces, Leonardo, Rafael, Michelangelo y Donatello descubrieron que varios cargamentos de mutágeno se habían extendido por la ciudad, contaminando varias áreas. Al principio no parecía muy grave, hasta que se dieron cuenta de que de este desastre habían surgido nuevos mutantes, conocidos como los «mewbies». No todos los mewbies son malvados, pero algunos han perdido la cabeza y los ciudadanos ya no se sienten seguros. Únete a las legendarias Tortugas Ninja salidas directamente de las alcantarillas en una nueva aventura de proporciones mutantes. Con la ayuda de los informes de April y la sabiduría de Splinter, ¡prepárate para luchar contra el crimen en una épica historia de justicia y caos! Embárcate en la aventura ya sea de manera individual o en el modo cooperativo para hacer que los ciudadanos cambien de parecer, repartir todas las pizzas a tiempo, y procurar no comértelas por el camino.