豊かな天然資源と政治的断絶を抱える国、Grand Chien。国民によって選ばれた現職大統領が突如姿を消し、“the Legion”と呼ばれる武装組織が地方部を掌握すると、国は混乱におちいった。大統領を救い国家に安定を取り戻すため、大統領の家族は資産をかき集めて強大なAdonis社と協定を結び、熟練の傭兵達を雇い入れた。 『Jagged Alliance 3』には、独自の個性・クセ・背景を持つ傭兵たちが無数いる。彼らを選び入れ、部隊に編成しよう。そして様々な人に出会い、資金を稼ぎ、部隊を拡大するためGrand Chienへと乗り出すのだ。そして最後には、国家の命運を決める判断を下せ。