Ein Jahr nach dem 10-Millarden-Yen-Vorfall hat Kazuma Kiryu begonnen, sich ein idyllisches Leben mit Haruka Sawamura aufzubauen. Er wird aus diesem Leben gerissen, als ein Mordanschlag droht, einen offenen Krieg zwischen dem Tojo-Clan und der Omi-Allianz zu entfachen. Kiryu, der Drache von Dojima, muss nach Sotenbori, Osaka reisen, um zwischen den rivalisierenden Clans zu vermitteln, doch Ryuji Goda, auch bekannt als Drache von Kansai, setzt alles daran, damit dieser Krieg ausbricht. In dieser Welt kann es nur einen Drachen geben. Yakuza Kiwami 2, ein wahrer Klassiker der Yakuza-Serie, wurde in der Dragon Engine von Grund auf nachgebaut und in die Moderne befördert. Aktualisierte Versionen von allseits beliebten Minispielen wie dem Cabaret Club Simulator und dem Clan Creator sind mit am Start, zusammen mit brandneuen Spielen wie Golfbingo und Toylets. Auch neu dabei ist die „Majima-Saga“, in der Goro Majima in seinem eigenen spielbaren Abenteuer Ereignisse erlebt, die vor der Haupthandlung des Spiels stattfinden.