Ninja Blade™ är ett actionäventyr som utspelar sig i dagens Tokyo.  Parasiter som kallas alfamaskar har dykt upp på ett mystiskt sätt och ger upphov till en våg av mänsklig förödelse när de snabbt sprider sig österut och når Tokyos stränder.  När mänsklighetens framtid hänger på en tråd bildas ett exklusivt elitteam med specialkunskaper som ska hindra fiendens framfart och i slutänden rädda mänskligheten från att utplånas.