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セレブラムで最強と言われたエースパイロット、トガ・ヴィタール。
月面侵攻作戦からの撤退戦で最後まで戦場に残り、未帰還となった。 トガが乗るゼーガペインは地球に落下し、敵であるガルズオルムにも回収、コピーされてしまう。
目を覚ましたトガは、全ての記憶を失っていた。そしてガルズオルムのパイロット、トガ・デュープとして新たな戦いの渦に巻き込まれていく…。

ステージ
Xbox 360 ならではのハイクオリティなグラフィックのステージ！ 荒野や都市など、戦略性溢れる様々なステージで戦闘を行います。

イベント
ゲーム中では様々なキャラクター達とのイベントが発生します。 ガルズオルムのメンバー達との会話や、ミッション中に起こるイベントでストーリーが進んでいきます。

カスタマイズ
機体のパーツをカスタマイズすることによって能力が変化します。 変更できるパーツは HEAD、BODY、ARM、LEG の 4 種類。 迫りくるミッションの内容に応じて最適なカスタマイズを行おう！
また、機体のカラーを変更することもでき、自分だけの機体を作り上げることが可能です。

クロスディスクネットワーク対戦
「ゼーガペイン NOT」では、Xbox Live によるネットワーク対戦で「ゼーガペイン XOR」との対戦も可能！ 最大 4 人まで参戦可能で、カスタマイズしたゼーガでの出撃もできます。 ゼーガペインとアンチゼーガの因縁の対決が現実のもに！