UNSC とコヴナント反乱軍の同盟艦隊はポータルを抜け、アークを目指す。
マスターチーフとアービターが銀河を超えてたどり着いたのは、
Halo によく似た、しかしさらに巨大な建造物だった。

アークにはすでに先客がいた。アルファ Halo 破壊の際に脱出し、
一時コヴナントに捕らえられていた 343 ギルティスパークが、
アークに侵入したフラッドに対抗すべく、コヴナント反乱軍に加勢する。
真実の預言者が Halo アレイを起動しようとしたまさにそのとき、
マスターチーフらが真実の預言者の息の根を止め、間一髪、起動は阻止された。

銀河系の知的生命体絶滅の危機は去ったが、この戦いにより、
ミランダ キース中佐とコヴナント反乱軍の大半が犠牲となった。

真実の預言者を倒したマスターチーフとアービターを、さらなる脅威が襲う。
Halo アレイ起動による絶滅の危機を逃れたグレイヴマインドが、
彼らに牙を向けたのだ。
圧倒的劣勢を悟ったマスターチーフは、
フラッドに汚染されアークに墜落してきたハイチャリティに突入。
ステーションの深部にてコルタナを救出する。
彼女のメモリーには、フラッドを一掃する最後の手段——
アークにて建造途中の二代目アルファ Halo のみを起動し、
爆破させるコードが記録されていた。