西暦 2185 年。 人類は、時間と空間を支配する大いなる技術「マスエフェクト」の発見によって遠宇宙へと進出し、複数の異星人種族からなる銀河統治組織「シタデル評議会」の傘下で歩みを進めていた。

主人公、連合軍のシェパード少佐が、有機生命体の殲滅を目論む機械種族「リーパー」の襲撃を退けてから 2 年後――宇宙の各所で、人類のコロニーが丸ごと消失するという未曾有の事件が発生。人類は、忍び寄る新たな脅威にさらされていた。

シタデル評議会は、2 年まえの襲撃の首謀者が、裏切り者の「スペクター」サレン アルテリウスであったと公式に発表。スペクターとは、シタデル評議会所属の特殊工作員のことである。この発表によって、襲撃がリーパーによるものであったという噂は薄れつつあった。真実は隠蔽された。

一方、真相を知る数少ない人物、シェパードは、銀河を航行中に謎の勢力の襲撃を受け、ひとり暗黒の宇宙空間へと飲み込まれた後、消息を絶っていた。シタデル評議会および連合軍では、シェパードは死亡したと見られていた。

しかしシェパードは、ある研究施設の中で 2 年の時を経て目覚める。高度な生物テクノロジーによってシェパードを蘇らせたのは、人類の存続と繁栄のためには手段を選ばない秘密組織「サーベラス」だった。

シタデル評議会が真実を隠す理由は？
サーベラスの真の目的とは？
そして、滅亡の淵に立つ人類の運命は!

人類を揺るがす史上最悪の事態を知ったシェパードは、絶望的な状況の戦いに勝利し、人類と宇宙の未来を切り開くため、サーベラスと手を組み、再び銀河の渦中へと旅立つ。新造された最新鋭の宇宙船「ノルマンディー SR-2」号と、新たに集う銀河の精鋭たちとともに――