Ninja Blade™ est un jeu d'action/aventure qui se déroule à Tokyo. Des parasites appelés alpha-vers sont mystérieusement apparus, libérant une vague de destruction visant l'humanité qui s'étend rapidement vers l'est, atteignant les rivages de Tokyo. Avec le futur de l'humanité en jeu, une équipe d'élite exclusive dotés de compétences ultra spécialisées est formée pour éliminer la menace ennemie et sauver l'humanité d'une extermination totale.