Mortal Kombat: Deadly Alliance fait son entrée dans le XXIe siècle avec un tout nouveau système de combat, de nombreuses victimes et une histoire intense qui repousse les limites des consoles de la prochaine génération. Mortal Kombat: Deadly Alliance entame le prochain chapitre dans le combat du bien contre le mal lorsque deux puissants sorciers - Shang Tsung et Quan Chi - unissent leurs forces pour livrer un combat sans précédent dans leur quête de la mortalité suprême.
 
Les joueurs prennent part à des combats à mains nues et armés, exécutent des combinaisons et des mouvements secrets qui portent des coups mortels et causent des victimes. De nouveaux guerriers mortels s'ajoutent à l'histoire, sans oublier le retour des classiques Mortal Kombat - Scorpion, Rayden, Sub-Zero, et Sonya. Hyper-réaliste, Mortal Kombat: Deadly Alliance présente la déconfiture progressive d'adversaire en utilisant trois styles de combat uniques pour chaque guerrier, ce qui crée des possibilités de combat à l'infini.