Ninja Blade™ er et action adventure spil, der foregår i Tokyo.  Parasitter - kendt som alfaorme - er pludselig dukket og har efterladt masser af døde mennesker, efterhånden som de spreder sig mod øst og kysten ved Tokyo.  Menneskehedens overlevelse hænger i en tynd tråd, så derfor indsættes et lille, toptrænet eliteteam med helt særlige evner for at udrydde fjenden og forhåbentlig menneskeheden fra total udslettelse.